Im Zweiten Weltkrieg kam Hellboy auf die Erde, als der Magier Rasputin eine Schleuse zur Unterwelt öffnete. Wider Erwarten reifte die Höllenbrut jedoch nicht zur Ausgeburt des Bösen, sondern wuchs zu einem gutmütigen Helden heran, der nun als Erwachsener gegen das omnipräsente Übel antritt. Als ein Untier in einem Museum ein Blutbad anrichtet, rückt Hellboy zu dessen Beseitigung an und entdeckt schnell, wer das Monster rief: Rasputin, der gar nicht tote Zauberer, der endlich die Weltherrschaft der Finsternis antreten will.